Archive for July 2008
Ich bin natürlich mittlerweile schon wieder zu Hause und habe die Summer School hinter mir gelassen. Leider bin ich in der zweiten Woche nicht mehr dazu gekommen zu bloggen, aber ich werde versuchen mal alles grob zusammen zu fassen. Nachdem wir Samstag über Produktionsgrids wie das EGEE oder Campus Grid gehört haben, hatten wir den Nachmittag frei und haben die Zeit genutzt uns mal den See anzusehn. Sonntag gab es dann die Möglichkeit an einer Exkursion teilzunehmen, die ich ob der wenigen Zeit die uns blieb um die Gegend zu erkunden wahrgenommen habe. Die Exkursion war vierteilig und bestand aus einer Besichtigung der Abtei auf der Halbinsel Tihany, einer Kutschfahrt im unheimlich langweiligen Umland, einer Weinprobe in einem lokalen Weinkeller und einer anschließenden Bootsfahrt über den Balaton. All diese Dinge an einem Tag unterzubringen war natürlich ebenso ehrgeizig wie die immense Anzahl Vorlesungen in den zwei Wochen unterzubringen, daher hinterließ die Exkursion, die von 9 Uhr bis 19:30 Uhr dauerte, einen leichten Nachgeschmack von Stress. Trotzdem war es schön und eine nette Abwechslung zu den vor dem PC verbrachten Stunden im Vorlesungssaal.
SAGA, MS-HPC, OGSA-DAI, P-Grade, Workflows, Semantic Grid
Integrating Practical
Zusammenfassung
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ISSGC08 – Tag 5 – Computational Biomedicine
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Heute Abend war Vincent Breton zu Gast, und hat über die Fortschritte von Biomedizin mittels Grid computing gesprochen. Der Vortrag war sehr interessant, besonders weil unser Institut an dem von Ihm vorgestellten speziellen Projekt mitgearbeitet hat. Das Projekt von dem ich spreche heißt WISDOM (Wide In Silico Docking On Malaria. Es ist ein Beispiel für ein Projekt, was einen tatsächlich greifbaren Einfluss auf unsere Umwelt nimmt. Es geht im Prinzip darum, die Forschung von Pharmazeutika zu unterstützen, bzw. beschleunigen. In diesem Fall, wie der Name suggestiert, ging es um Malaria. Im Forschungsnetz der Europäischen Union, dem EGEE, gibt es aber eine ganze Gruppe, die sogenannte BIOMED virtual organisation, die sich unter Anderem mit diesem Thema befasst, und WISDOM hat nach dem ersten erfolgreichen Versuch, z.B. auch an Gegenmitteln für die Vogelgrippe geforscht. Als grundlegende Information gab uns David Fergusson ein paar grobe Zahlen, nur um eine Vorstellung von der Evolution von Arzneimitteln zu bekommen. Es gibt Statistiken die behaupten, dass bevor ein Wirkstoff zu einem Arzneimittel wird, etwa 10-15 Jahre vergehen, und der Prozess, vermutlich einschließlich der Kosten für Fehlversuche, bei 5 – 10 Milliarden Dollar liegen kann. Aus diesem Grund, wird für viele Krankheiten, die möglicherweise keinen, oder nicht genug, Gewinn bringen würden, nicht geforscht wird. Beispielsweise bei Krankheiten, die hauptsächlich in Entwicklungsländern auftreten, ist für die Pharmaindustrie zu wenig Geld im Markt, als dass sich die Invesitionen, rein ökonomisch, lohnen würden.
Das WISDOM Projekt unterstützt diesen Prozess nun, indem es per Moleküldynamik und molecular docking versucht, Kandidaten auszuschließen. Stark vereinfacht gesagt versucht die Simulation herauszufinden, ob auf Molekülebene überhaupt eine Bindung möglich ist, denn andernfalls kann es auch keine WIrkung geben. Auf diese Weise möchte man also quasi den Suchraum der Pharmaziekonzerne extrem vermindern, damit diese nicht mehr Hunderte Substanzen testen müssen. Beispielsweise hat das Projekt in einem der Data Challenges, also einem der Zeiträume in der wirklich simuliert wurde, innerhalb von 6 Wochen auf dem Grid etwa eine Million Compunds getestet, ein Prozess der normalerweise 1-10$ pro Compound kosten würde, und natürlich Zeit und Expertise. Aus einem dieser Data Challenges, nämlich aus dem ersten in 2005, der übrigens 1,6 Terrabyte an Resultaten erzeugt hat, ist ein Kandidat entstanden, der mittlerweile in Korea patentiert wurde, um ihn weiterzuentwickeln. Es laufen wohl schon In vitro und sogar in vivo Tests. Das ist also eines der seltenen Themen, in denen das Grid schon wirkliche, und darüberhinaus noch extrem sinnvolle, Arbeit erledigt hat. Das Thema ist außerdem einfach unheimlich interessant, so dass ich danach beim Abendessen noch fast eine Stunde mit David Fergusson darüber gesprochen habe.
Heute ist übrigens einer der Tage in denen wir bis halb Zehn Vorlesungen haben. Im aktuellen Vortrag fand ich vor Allem ein Projekt interessant, in dem per Grid neuronale Netzwerke trainiert werden. Ich schätze es gibt einfach viel zu viel interessante Themen und viel zu wenig Zeit!
Nur ganz kurz, heute
a) ist es hier super warm und die Sonne knallt, aber wir sitzen in einem Saal mit geschlossenen Vorhaengen
b) ist gLite-Tag, unter Anderem haben wir auch AMGA behandelt, was ich nett fand. 
c) haben wir ein Gruppenfoto gemacht
Das Hands-on Practical über Globus verlief ohne große Besonderheiten. Wir haben uns die Resources, web-services, usw. angesehen, plenty of jobs abgeschickt, und generell rumexperimentiert.
Danach hat Prof. Dr. Joel Saltz, von der Ohio State University, per Online-Meeting-Software einen Vortrag hier gehalten. Das verlief leider nicht ganz problemlos. Zuerst war die Software, irgendwas von Acrobat, anscheinend so unintuitiv zu bedienen, dass Anfangs die Folien automatisch alle 2 Sekunden vorgeblättert wurden. Als das Problem gelöst war, hatten wir immernoch mit einigen Lags und zwischendurch auch mal mit Komplettausfällen zu kämpfen. Das machte es ziemlich schwer, dem ohnehin schon dröge vorgetragenenen Thema zu folgen. Außerdem gab es leider mal wieder überhaupt keine technische, oder evaluative, Details. Das hatten bisher fast alle Abschluss-Vorträge gemeinsam. Sie werden immer von Projektleitern gehalten und sollen echte Praxisanwendungen zeigen. Das Problem ist nur, dass eben jene Projektleiter leider nie auf Details eingehen. Mit evaluativen Details meine ich sowas wie: “Wir haben gemerkt dass XY extrem schwer zu machen ist, weil AB. Wir haben herausgefunden, dass CDE sehr gut funktioniert….”. Also wirklich ERGEBNISSE der Projekte. Die Vorträge die wir im Endeffekt zu hören bekommen, sind im Großen und Ganzen eher Werbevorträge, das habe ich ja Montag schon angemerkt. Ich muss allerdings etwas zurücknehmen, was ich Montag dazu gesagt habe: das man garnichts dabei lernt stimmt auch nicht ganz. Den Organisatoren scheint es wichtig zu sein, dass wir eine Vorstellung davon haben was Alles in der Grid-Community getan wird. Also aus welchen Fachbereichen es welche Projekte gibt, was welche User vom Grid erwarten, usw.
Unmittelbar nach dem Vortrag startete dann der schon lange angekündigte Treasure Hunt (eine Schnitzeljagd)! Es hört sich zwar im ersten Moment komisch an, aber die Idee den Treasure Hunt zu veranstalten fand ich klasse. Wir haben das ja vor zwei Jahren sogar auf der Weihnachtsfeier von unserem Fraunhofer Institut gemacht. Wie das bei Informatikern natürlich sein muss, wurde sogar der Treasure Hunt mit Folien auf einem Projektor erklärt! Die Folien dazu finden sich hier als PDF und PPT. 
Malcolm hat sich einiges dabei gedacht und hat es dann auch gut rübergebracht. Zum Einen sollte es eine Generalprobe für die Teamarbeit nächste Woche werden, wo wir uns gegenseitig kennen müssen um unsere Arbeit sinnvoll aufzuteilen. Zum Anderen sollten wir uns fühlen wie einem Distributed System und deren Probleme mal am eigenen Leib spüren. Schließlich müssten wir die Suche parallelisieren und in Subprobleme aufteilen, die wir dann wiederum auf verschiedene Leute aufteilen, damit die Zeit effizient genutzt wird, und uns Gedanken über fehlerkorrigierende Codes machen, um unsere Lösungen nicht auf dem Weg zu vergessen, … Das ganze war unheimlich geeky, hier ein Ausschnitt aus den Folien:
Why a treasure hunt?
- To have fun
- To organise a search
- Parallelisable
- Subtasks unpredictable
- To organise a team
- Division into subtasks
- Allocation of subtasks
- Reporting success or failure
- No mobile phones allowed!!
- Rescheduling effort
- Collaborate to win
- Protect your knowledge
Die Aufgaben waren 16 Hinweise auf Orte in Balatonfüred, manche vermeintlich offensichtlich, manche rätselhaft, manche kryptisch, die wir aufsuchen mussten. An den Orten waren dann wiederum Sätze versteckt. Für jeden gefunden Satz bekam man 2 Punkte. Jeden dieser Sätze war aber selber wieder ein Rätsel, beispielsweise ein Anagram oder Wortspiel, und konnte in eine Person oder Sache, die etwas mit der Summer School zu tun hat, übersetzt werden. Von vorneherein ausgeschlossen wurde, dass man in der ganzen Gruppe zusammenbleiben kann. Man braucht etwa 2,5 Stunden um nur die Strecke am Stück abzugehen, und das setzt voraus, dass man weiß wo man hingeht, und an Ort und Stelle nicht mehr nach Hinweisen suchen muss. Wir haben uns also erstmal auf die Terrasse gesetzt und geplant: Die Hinweise zu Orten, oder wenigstens Regionen, entschlüsselt, Cluster von nahe beieinander liegenden Hinweisen gebildet, und auf unsere Unterteams aufgeteilt. Es gab sogar Hinweise zu denen man schwimmen musste, weil die IM Plattensee an einem Floß befestigt waren!
Wir haben letzten Endes um 21:27 Uhr abgegeben. Bei der Siegerehrung wurde dann verkündet: Gruppe Flamingo erreichte 77 von 80 möglichen Punkten, und hat somit gewonnen. Strike! Unser Preis war neben Ruhm und Ehre eine Packung Pralinen, zwei Flaschen ungarischen Weins, und eine Tretbootfahrt auf dem Plattensee. \o/
Das ganze war eine gelungene und angenehme Abwechslung zum ständigen Arbeiten am PC. Endlich nochmal ein bisschen Bewegung. Und unserem Team tat es definitiv gut, vorher war ich mir nichtmal sicher alle Namen richtig im Kopf zu haben. Das Spiel und unsere anschließende “Siegesfeier” hat uns aber ziemlich zusammengebracht.
Hooray for the Flamingos!
André
PS: Ich hab eine Beschwerde bekommen, dass ich nie auf den Fotos bin, also hier ein absolut gestelltes Foto zum Ausgleich:
Der Condor-Tag gestern ist erfolgreich zu Ende gegangen. Condor ist ein nettes System, was sich wirklich auf den Kern des Problems konzentriert: Das Distributed Computing. Wir haben wenig bis garnicht über Security, Authorization / Authentication gesprochen, aber ich glaube nicht, dass Condor irgend etwas in diese Richtung bietet. Dafür funktioniert alles Andere sehr gut mit Condor. Die Befehle haben eine niedrige Latenz, alle Kommunikation läuft über plain old sockets, keine Web Services, es ist in C geschrieben, performant und stabil. Am späten Nachmittag haben wir noch Workflows mit DAGs (direkte azyklische Graphen) geschrieben und Challenges gelöst. Alles in Allem ist Condor eine nette Abwechslung zu den anderen Middlewares, weil man merkt dass es wirklich von Informatikern über die Jahre engineered wurde. Es scheint gut designed und sauber implementiert, man hat nicht den Overhead des Web Service stacks, keine langsame Virtual Machine und konsistente commandline tools.
Am Abend habe ich nicht mehr viel gemacht, außer zu telefonieren und danach mit meinen italienischen Kollegen in der Lobby zu sitzen und zu quatschen. Wie immer hatten wir wahllos die verschiedensten Themen. Es war zeitweise noch jemand aus Porto dabei, mit dem ich mich auch noch unterhalten und erzählt habe, dass ich letztes Jahr dort war. Mein persönlicher Höhepunkt des Abends war als Armando erzählt hat, dass er 2001 unter den Demonstranten des G8-Gipfel in Genua war, und nur wenige Hundert Meter vom Tatort entfernt war, an dem Carlo Giuliani erschossen wurde. Seine Erzählungen von den drei Tagen die er dort war waren unheimlich bedrückend, und man hat bemerkt, dass es ihn immernoch beschäftigt. Er hatte vom ersten Moment an eine Gänsehaut und es sah aus als wusste er häufig nicht wie er ausdrücken sollte, was er erzählen wollte. Er wurde von Polizisten verfolgt, mit Wasserspeiern und Gasgranaten beschossen, und hatte einfach nur Panik. Die Polizei hat sie wohl zusammengetrieben, so dass die friedlichen Teilnehmer keine Chance hatten weg zu kommen.
Danach kam unsere Diskussion dann natürlicherweise auf Berlusconi, und die Zwei haben mir einige Sachen erzählt die mich etwas beunruhigen: Berlusconi hat sich ja wie viele aus der Zeitung wissen werden, ein Gesetz erlassen, dass hohe Staatspolitiker für Ihre Straftaten nicht angezeigt werden können. Außerdem hat er alle Untersuchungen und Gerichtsprozesse die gegen Ihn liefen schlichtweg einstellen lassen…
Wie auch immer, ich erzähle ja mehr von unseren Quatschereien als von der ISSGC! Am vierten Tag sollen wir Globus lernen. Die Einführung läuft gerade und erklärt die Grundideen und Philosophie des Globus Toolkit, was man erreichen will, was man bereits geschafft hat, und die Architektur und Standards des Systems. Im Gegensatz zu gestern kenn ich also das Thema schon, aber ich denke es wird trotzdem nicht langweilig. Ich mag besonders das übersichtliche Architekturbild, das ist auch in der Dokumentation abgedruckt:
Guten Morgen,
Mittlerweile sitze ich schon wieder im Vorlesungsraum und höre einen weiteren Vortrag.
Gestern Abend sind wir noch mit einer Gruppe von ungefähr 20 Leuten ausgegangen, mehr in eine Art Café als in ein Pub, aber es war nichtsdestotrotz lustig und sogar interessant. Habe mich fast den ganzen Abend mit zwei Italienern unterhalten, über Gott und die Welt. Einer von Beiden hat sehr viel über einen Urlaub in Indien erzählt, und es wurde fast schon ein bisschen philosophisch, als er meinte das Leute die in Europa geboren werden nicht aus “dem gesamten Spektrum des Lebens” wählen, sondern schon in feste Bahnen geboren werden.
Unsere Gruppe bestand aus Organisatoren und Teilnehmern, in einer guten Mischung aus vielen Nationen. Was ich übrigens noch garnicht berichtet habe: Das Auditorium ist wirklich faszinierend gut gemischt. Es sind etliche Nationen vertreten, u.a. auch Syrien, Ägypten, USA, Pakistan, Indien… Wobei von jeder Nation maximal 4 Leute unter den Teilnehmern sind!
Wie auch immer, Tag 3 ist mittlerweile im vollen Gange und beschäftigt sich mit Condor. Condor ist das wohl älteste System für Distributed Computing, Batch Computing, Grid Computing, wie auch immer man es nennen soll. Die Gruppe hat vor über 20 Jahren angefangen es zu entwickeln und entwickelt es heute noch aktiv weiter. Den ersten Vortrag des Tages hatte Prof. Dr. Maron Livny, der Erfinder von Condor und Leiter der Condor Arbeitsgruppe (etwa 34 Wissenschaftler arbeiten daran, allerdings einschließlich Administration von Systemen und Support). Ich habe einige Notizen des Talks gemacht, weil er einige interessante Gedanken vorgestellt hat, über die ich noch genauer nachdenken will. Außerdem hat er ein bisschen mit den HPC Leuten abgerechnet, mit denen er in einigen Punkten nicht übereinstimmt.
Jetzt redet gerade Alain Roy, ebenfalls Mitglied der Condor Arbeitsgruppe, über die technischen Details von Condor.
Für die Leute die das Thema interessiert hab ich meine Notizen mal in den erweiterten Eintrag kopiert, weil seine Folien leider nicht erhältlich sind, und er ohnehin viel mehr so gesagt hat, was garnicht auf den Folien steht.
(more…)
Der zweite Tag steht ganz unter dem Motto UNICORE (Unified Interface to Computing Resources). Der Tag ist gut strukturiert. Es fing heute Morgen wieder mit einem Werbevortrag an, in dem sich einer der UNICORE Mitarbeiter des Forschungszentrum Juelich als Herr der Superpower profiliert hat, aber der nachfolgende Vortrag war dann wieder mit Inhalt. Nun kenne ich ja Unicore schon ein paar Jahre, deswegen war es jetzt nicht so super interessant, aber ich schaetze mal das jeder Teilnehmer wenigstens eine vorgestellte Komponente schon kennt. Ausserdem hab ich bei der Gelegenheit einen Bekannten wieder getroffen, der auch in Bonn studiert hat und mittlerweile in Juelich arbeitet. Fuer unser Kollaborationsprojekt habe ich mittlerweile auf meinem Server ein Redmine Projekt aufgesetzt, sowas aehnliches wie Trac, was Projektseite, Wiki, Forum, Subversion Repository und sowas bietet. Wir haben heute anscheinend den Abend ab 19:30 Uhr frei, bekommen also keine zusaetzlichen Aufgaben wie gestern, das heisst ich werde wahrscheinlich mit ein paar Leuten in ein Pub in der Naehe gehn.
So, wir haben jetzt endlich ein bisschen Freizeit. Neben den Lectures bis 20:00 Uhr sind wir heute für eine Projektarbeit in Gruppen von 7 Personen eingeteilt worden. Im Laufe der zwei Wochen müssen wir zusammen Aufgaben lösen, die es wohl erfordern die Arbeit sinnvoll aufzuteilen und gut zu organisieren. Der Talk heute Morgen hatte ja auch als Main-Theme: “Collaboration is the key”, also sind anscheinend auch die Aufgaben danach ausgerichtet. Ganz im Sinne der Kollaboration war auch heute nachmittag Web 2.0 das Thema des Praktikums. Es wurde nicht so fancy wie üblich als der Messias des Internets vorgestellt, sondern eher als Werkzeug um Plattformen zu erzeugen, die die Kommunikation und Kollaboration wesentlich einfacher machen, oder überhaupt erst ermöglichen. Der letzte Talk heute Abend war deutlich schwächer als ich mir erhofft hatte. Das Thema ist zwar sehr interessant, aber das Projekt scheint noch nicht so weit fortgeschritten zu sein. Jedenfalls war der Vortrag einer dieser typischen Projektleiter-Vorträge, die eher Werbung machen als in die Details zu gehen. Ich glaube jedenfalls nicht viel dabei gelernt zu haben. Natürlich war ich auch schon etwas fertig. Das Gebäude verlassen hab ich übrigens heute nur zum Zigaretten kaufen. Danach war einfach keine Zeit mehr. Trotzdem sind hier mal ein paar Fotos von Balatonfüred, die ich gestern bei unserem kleinen Spaziergang gemacht habe.
Der Blick auf den Balaton von meinem Hotelzimmer aus.
Die Promenade etwa 5 Minuten von unserem Hotel. Den Weg zwischen Hotel und Promenade hab ich mal weggelassen, weil der nur Souvenirshops und Kramsläden zu bieten hat
Der Park hinter der Promenade ist ganz nett, wenn man denn Zeit hätte sich mal dort hin zu setzen.
Der Konferenzraum. Der Vortragende mit dem Rauschebart ist Malcolm Atkinson.
Heute Morgen, nach einem ueppigen Fruehstueck, startete der offizielle Teil der Summer School. Die Organisatoren haben eine Art Aula eingerichtet, mit etwa 50 Workstations und einer grossen Leinwand fuer die Praesentatoren.
Der Vormittag wurde von Malcolm Atkinson gestaltet und war sehr sehr interessant. Atkinson ist ein faszinierender Typ mit sehr viel Erfahrung im Bereich der Informatik. Er hat eine tolle Art und Weise komplexe Themen klug und gleichzeitig humorvoll zu praesentieren. Ich kann nur hoffen, dass die Schule so weitergeht.
Denjenigen von Euch die das Thema Distributed Computing / Grid Computing interessant finden, kann ich seine Folien wirklich empfehlen: http://www.iceage-eu.org/issgc08/sessionDescription.cfm?id=100
Das ist wahrscheinlich der beste einleitende Vortrag zu Grid Computing den ich bisher gelesen / gehoert habe. Atkinson erklaert die Grundlagen, Motive, Herausforderungen und moegliche Konflikte von Kollaboration in diesem Ausmass. Er wird dabei nie wirklich technisch konkret, und behandelt auch menschliche soziale, sowie sozio-oekonomische Aspekte. Zumindest trifft das auf den groessten Teil des Vortrags zu. Das Ende des Vortrags setzt sich etwas ab, es handelt von Szenarien und wie sie beim R&D helfen koennen. Danach gibt er ein Beispiel fuer ein typisches Grid-Szenario. Dabei hat er erklaert wie man das Szenario iterativ um weitere Informationen erweitert. Gleichzeitig hat er diesen Teil dafuer genutzt, denjenigen Teilnehmern, die weniger Erfahrung mit dem Grid haben, den grundlegenden Aufbau eines Grid-Jobs zu erklaeren.
Heute Nachmittag werden wir noch konkreter ueber die vorhandene technische Infrastruktur aufgeklaert, lernen etwas ueber Security in Grid Environments, und natuerlich darf selbst auf einer Grid Schule ein Vortrag ueber Web 2.0 fehlen. Heute Abend um 18:30 startet dann ein Vortrag von dem ich mir viel verspreche: Mark Birkin von der University of Leeds wird das MoSeS Projekt vorstellen (Modelling and Simulation for e-Social Science), in dem menschliches Verhalten fuer social sciences erforscht und simuliert wird.
Wenn ich danach noch Zeit habe, werde ich noch etwas mehr bloggen.
