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ISSGC08 – Tag 5 – Computational Biomedicine
No comments · Posted by Andre Gemünd in Uncategorized
Heute Abend war Vincent Breton zu Gast, und hat über die Fortschritte von Biomedizin mittels Grid computing gesprochen. Der Vortrag war sehr interessant, besonders weil unser Institut an dem von Ihm vorgestellten speziellen Projekt mitgearbeitet hat. Das Projekt von dem ich spreche heißt WISDOM (Wide In Silico Docking On Malaria. Es ist ein Beispiel für ein Projekt, was einen tatsächlich greifbaren Einfluss auf unsere Umwelt nimmt. Es geht im Prinzip darum, die Forschung von Pharmazeutika zu unterstützen, bzw. beschleunigen. In diesem Fall, wie der Name suggestiert, ging es um Malaria. Im Forschungsnetz der Europäischen Union, dem EGEE, gibt es aber eine ganze Gruppe, die sogenannte BIOMED virtual organisation, die sich unter Anderem mit diesem Thema befasst, und WISDOM hat nach dem ersten erfolgreichen Versuch, z.B. auch an Gegenmitteln für die Vogelgrippe geforscht. Als grundlegende Information gab uns David Fergusson ein paar grobe Zahlen, nur um eine Vorstellung von der Evolution von Arzneimitteln zu bekommen. Es gibt Statistiken die behaupten, dass bevor ein Wirkstoff zu einem Arzneimittel wird, etwa 10-15 Jahre vergehen, und der Prozess, vermutlich einschließlich der Kosten für Fehlversuche, bei 5 – 10 Milliarden Dollar liegen kann. Aus diesem Grund, wird für viele Krankheiten, die möglicherweise keinen, oder nicht genug, Gewinn bringen würden, nicht geforscht wird. Beispielsweise bei Krankheiten, die hauptsächlich in Entwicklungsländern auftreten, ist für die Pharmaindustrie zu wenig Geld im Markt, als dass sich die Invesitionen, rein ökonomisch, lohnen würden.
Das WISDOM Projekt unterstützt diesen Prozess nun, indem es per Moleküldynamik und molecular docking versucht, Kandidaten auszuschließen. Stark vereinfacht gesagt versucht die Simulation herauszufinden, ob auf Molekülebene überhaupt eine Bindung möglich ist, denn andernfalls kann es auch keine WIrkung geben. Auf diese Weise möchte man also quasi den Suchraum der Pharmaziekonzerne extrem vermindern, damit diese nicht mehr Hunderte Substanzen testen müssen. Beispielsweise hat das Projekt in einem der Data Challenges, also einem der Zeiträume in der wirklich simuliert wurde, innerhalb von 6 Wochen auf dem Grid etwa eine Million Compunds getestet, ein Prozess der normalerweise 1-10$ pro Compound kosten würde, und natürlich Zeit und Expertise. Aus einem dieser Data Challenges, nämlich aus dem ersten in 2005, der übrigens 1,6 Terrabyte an Resultaten erzeugt hat, ist ein Kandidat entstanden, der mittlerweile in Korea patentiert wurde, um ihn weiterzuentwickeln. Es laufen wohl schon In vitro und sogar in vivo Tests. Das ist also eines der seltenen Themen, in denen das Grid schon wirkliche, und darüberhinaus noch extrem sinnvolle, Arbeit erledigt hat. Das Thema ist außerdem einfach unheimlich interessant, so dass ich danach beim Abendessen noch fast eine Stunde mit David Fergusson darüber gesprochen habe.
Heute ist übrigens einer der Tage in denen wir bis halb Zehn Vorlesungen haben. Im aktuellen Vortrag fand ich vor Allem ein Projekt interessant, in dem per Grid neuronale Netzwerke trainiert werden. Ich schätze es gibt einfach viel zu viel interessante Themen und viel zu wenig Zeit!
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